Varianti in corso d'opera - 19037

Ciao a tutti, espongo brevemente il mio problema.
L'anno scorso ho completato i lavori di ristrutturazione della mia abitazione ed ho preso regolarmente la residenza.
Adesso mi trovo a dover dare la fine lavori con un problema.
La costruzione ha subito delle modifiche rispetto al progetto presentato nella DIA (c'è una finestra in più, l'ingresso leggermente diverso, un muro divisorio interno in meno...).
Non so quindi se far finta che i lavori non siano ancora terminati e presentare una variante per regolarizzare il tutto (però ho già preso la residenza) oppure lasciare stare così com'è e dare la fine lavori e richiedere l'abitabilità.
Il direttore lavori mi consiglia la seconda opzione in quanto comunque si tratte di piccole varianti che eventualmente potrebbero darmi qualche problema solo in caso di vendita.
Nel secondo caso invece potrei incorrere in sanzioni.
Qualcuno può consigliarmi?
Grazie mille!