Ritardo lavori. come mi comporto?

Buonasera a tutti. Cercando nel forum ho trovati diverse situazioni simili alla mia, ma nessuna che fosse "completa" e che mi togliesse vari dubbi, perciò di seguito posto il mio problema.
In data 23/5/08 ho stipulato un contratto di appalto con un'impresa per ristrutturare un appartamento in condominio. Nel contratto era fissata la data di fine lavori per il giorno 18/10/08 ed era stata fissata una penale giornaliera per il ritardo della consegna, a partire dal 15esimo giorno di ritardo, ovvero dal 3/11/08. Aggiungo inoltre che la data di consegna era stata considerata "essenziale ai sensi dell'art. 1457 c.c."
Prima della data di consegna come da contratto (18/10/08) sono state apportate delle varianti al progetto iniziale, senza però stipulare un nuovo contratto, non specificando per iscritto i tempi di esecuzione, ma prendendo solo accordi verbali che quantificavano il tutto in circa 20 giorni in più. Allo stesso modo, non è stata apposta nessuna firma per accettazione su nessuno dei vari preventivi presentati dall'impresa per le varianti, ma si è portato avanti tutto tramite accordi verbali e strette di mano. In corso d'opera sono state inoltre effettuate spese per extra capitolato, da me personalmente pagate con relativa fattura.
I lavori "materiali" sono stati terminati il giorno 16/11/2009, in ritardo di 1 anno e 13 giorni, ma formalmente non sono ancora conclusi, perché non è ancora stata fatta la fine lavori in quanto non mi sono state ancora consegnate le certificazioni dell'impianto idraulico (per l'appunto avevo aperto un altro thread qui: http://www.lavorincasa.it/helpcasa/viewtopic.php?f=4&t=27235).
In questo anno di ritardo nella consegna io ho dovuto sostenere diverse spese, tra cui le spese condominiali (che ho dovuto per forza pagare), le spese di locazione di un altro appartamento e altre piccole spese sempre dovute al fatto che la casa non era pronta.
Preciso che io sono sempre stato puntuale nei pagamenti tanto che in data 3/12/08 avevo già versato (ahimé) l'intera somma pattuita dal contratto iniziale, nonostante l'impresa fosse già in ritardo nella consegna. Tra l'altro, tale somma, mi è poi stata fatturata quasi un anno dopo, in data 12/10/09 dietro mia esplicita richiesta (l'impresario voleva fatturare circa il 20% e fare il resto in nero!). Ad oggi rimane da saldare la cifra relativa alle varianti, che l'impresario ha saputo abilmente gonfiare...
Ora, le mie questioni in merito a questa vicenda sono molteplici, ovvero:
- sono tenuto a versare all'impresa l'intera somma rimanente o posso già detrarre da essa la cifra per il danno da me subito?
- nel calcolo del danno, essendoci già una penale giornaliera che l'impresa deve risarcirmi, posso comunque aggiungere a questa le spese che ho dovuto sostenere nel periodo del ritardo (spese condominiali, di locazione, ecc.)?
- se ottenessi le certificazioni dell'impianto idraulico, sarebbe secondo voi una buona mossa fare la chiusura dei lavori con un geometra, tenendo allo scuro di questo l'impresario? Potrei farlo? E in tal caso, rischierei qualche rivalsa da parte dell'impresa?
Chiedo a Voi esperti in materia come dovrei muovermi nei confronti di questo (disonesto) impresario, considerando che non avrei intenzione di chiedere lui dei danni in più, a me basterebbe andare a pari e chiudere il tutto senza dover arrivare al tribunale, ma in caso contrario sono disposto ad arrivare anche a quello.
Grazie a tutti anticipatamente e scusate per la lungaggine.