Problema: lo stato di fatto!

Buongiorno Sara. Per poterLa aiutare, Ci servirebbe un riepilogo un pò più articolato delle circostanze rilevanti.

Mi ero "trattenuta" perché non volevo essere prolissa...

Ho comprato meno di un'anno fa una casa del 1969.
In quel periodo la zona era scarsamente popolata, ne deriva che gli incartamenti presentati al catasto e al Comune sono un po' (tanto) approssimativi.
Non mi dilungo in merito alle discordanze dei documenti depositati nei due enti, ma diciamo che non c'è niente di sostanziale per quanto riguarda forometrie e volumetrie.
Dovendo affrontare la denuncia dei lavori per adeguamento fognario abbiamo ritenuto una buona decisione, quella di mettere in regola tutte queste discordanze in modo da riuscire ad avere delle planimetrie reali.
Tenendo sempre conto che in quegli anni, evidentemente, fare delle modifiche più o meno importanti alla planimetria presentata in comune non rappresentava un problema, ci troviamo a doverci "giustificare" col Comune.
Nello specifico mi contestano due finestre che risultano più alte di quanto denunciato nel 69 e le dimensioni della porta del vano tecnico della caldaia.
Considerato che presentato lo stato di fatto ci sono differenze minime anche nelle verifiche degli spessori murari e del posizionamento delle tramezze, che (a quanto dice l'architetto) sono giustificabili tenuta conto l'età della casa, perché non sono giustificabili anche le dimensioni delle due finestre e la porta sottodimensionata?
Ammesso che il Comune possa contestare queste due situazioni, non ho nessuna giustificazione valida per NON dover intervenire o pagare la sanatoria?
E soprattutto, hanno il potere di venire a verificare in casa di un privato?
Grazie