Ristrutturazione piano casa

Buongiorno,
fine febbraio 2013 tramite il mio architetto abbiamo presentato la comunicazione di inizio lavori SCIA per ristrutturazione e ampliamento del mio appartamento.
Dopo 60 giorni per silenzio assenso abbiamo iniziato i lavori che sono terminati alla fine del 2013.
Durante questi mesi l'ufficio di competenza ha richiesto altra documentazione che abbiamo regolarmente presentato.
Nella tarda primavera del 2014 quando ci apprestavamo a dichiarare la fine lavori abbiamo ricevuto una richesta di studio idro geologico, regolarmente presentata.
Da quel momento silenzio... nonostante alcuni solleciti la risposta è stata che la pratica era da lavorare come tante altre.
Dopo tanti mesi di silenzio, nel dicembre del 2015 abbiamo formulato all'ufficio la dichiarazione di fine lavori, lo stesso giorno è arrivata una mail di rigetto di fine lavori perché la pratica non era stata ancora definita.
Cosa posso fare?? i tempi burocratici sono lunghissimi e i termini di scadenza scadono fine febbraio 2017.