Differenza tra progetti presentati

Salve a tutti,
ho notato una differenza tra il progetto presentato all'Urbanistica e il progetto delle opere strutturali presentato al Genio Civile.
Entrambi i progetti sono stati già approvati e si è proceduto con le opere. 
La sezione dei 2 progetti è diversa semplicemente perchè durante i lavori di demolizione si è scoperto un dislivello tra 2 unità abitative di circa 1mt. 
E' stata fatta una variante in corso d'opera alla concessione edilizia precedente alla costruzione della nuova struttura per modificare la tipologia di struttura da portante a c.a., ma il Direttore dei Lavori non ha apportato questa modifica nel disegno, piuttosto ha aggiunto una nota nello stesso progetto specificando che la piantina, sezione e prospetto non subivano variazioni.
Ora mi chiedo, questa differenza mi comporterà dei problemi in futuro?
Dovrò andare a sostenere i costi di un'altra variante per modificare? 

Grazie a tutti.