Fattura edile con 36% e 55%

Buongiorno a tutti,
dopo un lungo incontro con il mio edile e geometra, ecco che sorgono dubbi burocratici.
L'edile effettuerò dei lavori di ristrutturazione che godranno sia del 36% che del 55%.
Ora, il geometra vuole emettere delle fatture tutte uguale indicando "ristrutturazione igenico sanitaria" di importi diversi, senza però fare nessuna distinzione tra le 2 detrazioni.
Mi chiedo:
- è coretto? Non dovrebbe fare distinzione tra i lavori che godono del 36% e quelli che godono del 55%?
- decido io a caso quale fattura pagare con bonifo del 55% o bonifico del 36%?
- in caso di controllo come posso dimostrare che le spese detratte godevano effettivamente della relativa detrazione?
- come fa a fare la distinzione della mono d'opera x le spese del 36%

Grazie x la risposta e scusate x la mia confusione
Chiara