Come viene calcolato ai fini irpef il 36%?

Alle spese inerenti il recupero del patrimonio edilizio si applica una detrazione d'imposta, non una deduzione. Questo significa che la somma va detratta dall'imposta lorda per ottenere l'imposta netta.
Seguendo il tuo esempio:
35.000/10= 3.500; sui 3.500 detrazione 36% x 10 anni, quindi 1.260 annui.
Se la tua imposta lorda è 2.000, l'imposta netta sarà 740 (2.000-1.260).

E quindi avrei ragione io, povera ignorante, e non il mio commercialista laureato e professionista da 20 anni?

Il software in dotazione ai commercialisti e ai CAF calcola automaticamente le detrazioni e le "deduzioni" che dal 1 Gennaio 2007 sono "sparite", sostituite nuovamente dalle "detrazioni", quindi il tuo commercialista, al di là di ciò che dice, non avrebbe potuto fare deversamente rispetto a deduzioni e detrazioni.

....La nuova Irpef delineata nella Finanziaria 2007 (per i redditi percepiti dal 1° gennaio di quest?anno) non solo agisce sulle aliquote (che diventano cinque) e sugli scaglioni, ma ritorna alle detrazioni come strumento per modellare il prelievo con particolare riferimento alle condizioni del nucleo familiare. E dunque, dalla dichiarazione del prossimo anno si archiviano le deduzioni..... (15 gennaio 2007 Il Sole24Ore).