Mettere in regola 2 alloggi ....

Salve a tutti, avrei da porvi un quesito, attualmente abito nella casa dei miei genitori che al catasto risulta come casa unifamiliare ma che in verità è divisa in due alloggi sovrapposti, sotto ci sono i miei e sopra ci sono io con mia moglie e mio figlio. All'epoca in cui mi sono sposato sia io che mio padre non eravamo tanto esperti in materia e visto che i cambiamenti da fare in termini di struttura della casa erano minimi non abbiamo chiesto nessun permesso per i lavori, ora però parlando con un geometra mi ha detto che qualora ci fosse un controllo la cosa potrebbe essere grave e che quindi è meglio mettersi in regola, quindi vi chiedo quale sarebbe la soluzione più logica nella mia situazione per risolvere il problema e non avere il timore di incorrere in sanzionamenti futuri.
Ogni suggerimento è ben accetto e preciso che in materia ne capisco molto poco e quindi vi chiedo per favore di scrivere in termini semplici e chiari.
Grazie