Altezza casa fuori terra difforme da progetto

Buongiorno, spero di aver scritto nel forum corretto!
Vivo in una casa costruita a inizio anni 60, per cui possediamo un certificato di abitabilità redatto alla fine della costruzione firmato dall'allora sindaco.
Durante la ristrutturazione del tetto è emerso, tuttavia, che la casa è stata costruita secondo il progetto presentato in comune per quanto riguarda dimensioni ma è stata realizzata spostata di 50 cm verso l'alto nel piano di fondazione, quindi mi contestano che sembra 50 cm più alta rispetto alle quote indicate nel progetto di 60 anni fa. Di fatto, pensiamo che, siccome la falda è superficiale, abbiamo incontrato acqua durante lo scavo e quindi si siano tenuti più alti di 50 cm dal livello originario del piano fondazione, spostando tutto il fabbricato, appunto, di 50 cm verso l'altro.
E' possibile condonare, con la nuova norma, questo tipo di situazione?
Grazie mille, cordiali saluti