Condono edilizio e procura della repubblica

Salve a tutti,
ho presentato domanda di condono edilizio su una casa di mia proprietà per sanare delle altezze in alcune stanze.
Successivamente (un anno dopo) la Procura della Repubblica mi ha notificato la proroga delle indagini a mio carico per illecito edilizio, (notizia di reato è stata iscritta successivamente alla domanda di condono).
Nella mia situazione si trova la maggior parte di chi ha presentato condono nella mia zona.
Il Comune ora mi dice che non puo' rilasciarmi la sanatoria fino a che non si pronuncia la Procura.
Ma non è il contrario?
Non è il rilascio della sanatoria che estingue tutti i reati (o sbaglio?)
Grazie