Emissione fattura: è prova di avvenuto pagamento lavori?

Salve a tutti,
è il primo topic che apro e spero di essere chiaro nell'esposizione, senza dilungarmi molto:
Nel 2007 Ho effettuato dei lavori di ristrutturazione con una impresa edile, ma a seguito di danni procurati da loro all'appartamento sottostante i rapporti si sono incrinati.
Nel mese di settembre 2007 ho provveduto al pagamento di una tranche dei lavori, parte in assegno, parte in contanti che ho consegnato al momento dell'emissione di fattura e di cui non ho chiesto quietanza ritenendo che la contestuale emissione di fattura bastasse.
Successivamente, nel mese di ottobre, a seguito delle pressioni del'impresario che diceva di dover pagare i suoi fornitori, ho versato (esclusivamente tramite assegno bancario intestato al titolare della'impresa) ulteriori importi.
A dicembre l'impresa emette un'altra fattura, non considerando gli assegni da me versati a novembre, e richiedendomi la somma per intero.
A loro parere gli assegni versati ad ottobre erano da considerarsi saldo per la fattura emessa a settembre.
Alle mie rimostranze mi vedo rispondere con lettera del loro legale che mi chiede conto di saldare tutto l'importo dell'ultima fattura, ma nn menzionando per nulla la fattura di settembre.
Quello che chiedo è se l'emissione di fattura per prestazione di lavori di ristrutturazione è prova dell'avvenuto pagamento, sicche possa far valere, come è, che gli assegni emessi successivamente siano acconti sulla fattura successiva (di dic) e non saldo della precedente (di sett).
Vi ringrazio del vostro parere, che spero nn vi costera troppo tempo.