Difformità progettuale in zona a

Chiedo a voi una soluzione a questa mia problematica che mi impedisce di eseguire lavori di manutenzione straordinaria da svolgere nella mia abitazione ricandente in Zona A - Centro storico del mio piccolo comune di appartenenza.

Principalmente i lavori da eseguire sono la sistemazione del tetto (urgente in quanto ci sono evidenti infiltrazioni d'acqua), del cornicione (che si và sempre più sgretolando) e a delle modifiche interne quali pavimentazioni, tramezzature, intonaci, impianti.

Recuperando in Comune il progetto originale, risalente al 1962, e il relativo nulla osta di esecuzione dei lavori, mi accorgo che ci sono delle difformità:
sul progetto risultano solo 2 piani (PT + Piano Primo) mentre l'abitazione è costituita da Seminterrato + Pt + 1°Piano + Terrazzo con Casotto;
sul progetto la scala di accesso ai piani è riportata a sx invece è stata realizzata a dx e quindi anche il muro portante è riportato sbagliato;
sul progetto c'è un tramezzo che taglia la casa in 2, invece quel tramezzo non esiste;
sul progetto originale risulta 1 solo ingresso, mentre attualmente gli ingressi sono 2.

Nella visura catastale la casa risulta composta da PT + Piano 1° + Piano 2° e porta 2 numeri civici (quindi risultano 2 ingressi).

Il geometra abilitato a cui mi sono affidato mi ha risposto che essendo in zona A non è possibile aggrapparsi a una qualke sanatoria e che comunque a quei tempi (parliamo del 1962) era quasi abitudine costruire in difformità al progetto presentato ed approvato, tanto a quei tempi non esisteva nessun tipo di controllo.
Mi riferisce anche che nel caso procedessimo a presentare istanza di inizio attività per la manutenzione straordinaria, quest'ultima deve essere autorizzata dalla sovraintendenza, essendo l'abitazione in zona A, e per questo motvio c'è il rischio che la sovraintendenza vedendo queste difformità richieda una nuovo agibilità e un nuovo accatastamento dell'intera abitazione, con conseguente mora e messa di sigilli.

Eppure la mia abitazione anche se ricade in centro storico non ha nulla di particolare rilievo, nè affreschi nè pavimenti storici nè stipiti o cornicioni in qualke stile. E per di più vicino casa mia molte persone hanno ristrutturato proprio l'anno scorso diverse abitazioni, tutti abusivamente, cambiando persino il prospetto dell'edificio, infischiandosene di leggi e regole... mentre io che voglio eseguire dei lavori in regola non posso.

Come posso risolvere questa situazione????
Qualkuno mi consigli, prima che piova!!!