Condono modifica interna cantina e variaz destinaz d'uso

Non puoi.
Non so nel tuo paese, ma in genere i regolamenti locali di igiene vietano la costruzione di spazi abitabili nei locali seminterrati. In più non hai nemmeno le altezze e molto probabilmente i rapporti aeroilluminanti.
Se il box ha dimensioni talmente ridotte da non farci stare nemmeno una macchina e non hai un altro posto auto, allora non hai alternativa che ripristinare il box. Se invece ha le dimensioni idonee per un'autovettura, allora potrai richiedere un permesso di costruire in sanatoria per sistemare la situazione dei muri, fermo restando che la cantina resterà cantina e il bagno diventerà locale lavanderia. Per l'ampliamento in più dovrai pagare gli oneri di urbanizzazione, ma non essendo abitabile, la cifra sarà molto bassa (in alcuni comuni non si pagano nemmeno per i locali non abitabili, in altri sì). In più dovrai pagare la multa per l'abuso. Quindi potrai fare la variazione catastale.

Grazie Lalla. Anch'io vedo come insormontabile, in primo luogo, il problema dell'altezza.