Varianti in corso d'opera....costano?

Salve a tutti...
sto acquistando un terreno con progetto approvato per costruire una casa agricola.
la suddivisione dell'appartamento non era però molto funzionale e abbiamo subito pensato di fare delle modifiche, del tipo:eliminare una cameretta a favore di una maggiore ampiezza della zona giorno, forse ci sarebbe pure la possibilità di costruire un soppalco dove potremo mettere la nostra camera ect etc
questo circa 3 mesi fà....all epoca però il nostro ingeniere(che è anche il progettista) ci aveva consigliato di fare queste modifiche successivamente xchè cambiando il progetto si rischiava di aspettare parecchio tempo per avere la nuova approvazione.
peccato però che il suddetto ingeniere ci ha fatto aspettare ugualmente tutti questi mesi per ottenere i vari permessi per poter fare l'atto del terreno....ora inizieremo a costruire e ci hanno detto che rischiamo di pagare per ogni singola variazione rispetto al progetto originale....
è vero? e chi prenderebbe i soldi? lui?