Sostituzione infissi ed applicazione iva

Gentilissimo Architetto,
sto sostituendo gli infissi vecchi con dei serramenti a taglio termico che rispettano l'attuale normativa in materia di risparmio energetico (il tutto è supportato da idonea certificazione rilasciata dalla ditta che sta effettuando la fornitura e posa in opera dei materiali).
Per ciò che riguarda la fatturazione, la ditta asserisce che l'IVA da applicare in assenza di SCIA è del 22%, del 10% invece in presenza di tale documentazione.
Chiedo, in considerazione del fatto che la sostituzione degli infissi non prevede l'obbligo di presentare la SCIA, se detta documentazione è necessaria produrla per godere dell'IVA al 10% o se posso evitare di far ciò mantenendo tale diritto.
Un'altra cosa:
poichè attualmente è decaduto l'obbligo di inserire in fattura il costo della manodopera da quello dei materiali ma, essendo gli infissi definiti dalla normativa "beni significativi", come occorre comportarsi per una corretta fatturazione da parte della ditta onde evitare di incorrere in eventuali problemi con l'Agenzia delle Entrate?
Cordiali saluti
Marco Martella